اتهمت منظمة العفو الدولية المجلس الأعلى للقوات المسلحة في مصر بانتهاك حقوق الانسان، معتبرة أن "بعض انتهاكات حقوق الإنسان التي ارتُكبت منذ تسلمه إدارة شؤون البلاد هي أسوأ مما كانت عليه الحال في ظل نظام الرئيس السابق حسني مبارك".

وقالت المنظمة في تقرير نشر يوم 22 نوفمبر/تشرين الثاني إن "لائحة محزنة لانتهاكات حقوق الانسان في ظل حكم المجلس الذي يتولى السلطة في مصر منذ سقوط نظام الرئيس السابق حسني مبارك في 11 فبراير/شباط الماضي"

ونقل التقرير عن فيليب لوثر، مدير منظمة العفو الدولية لشؤون الشرق الأوسط قوله "بتقديمه آلاف المدنيين للمحاكمة أمام محاكم عسكرية، وبقمعه متظاهرين مسالمين، وبتوسيعه نطاق تطبيق قانون الطوارىء الذي كان مطبقا في ظل مبارك، فإن المجلس الأعلى للقوات المسلحة انتهج نظاما قمعيا ناضل متظاهرو 25 يناير بقوة للتخلص منه".

وأضاف لوثر قائلا "أولئك الذين تحدّوا، أو انتقدوا المجلس العسكري، أي المتظاهرين والصحافيين والمدونين والمضربين، تعرضوا لقمع عنيف، في محاولة لإسكاتهم"، موضحا أن "المحصِّلة حول احترام القوانين الإنسانية تظهر أنه بعد تسعة أشهر في مصر، خنق المجلس الأعلى للقوات المسلحة أهداف وتطلُّعات ثورة 25 يناير".

وأكَّدت المنظمة أنه في مجال القضاء، عمل النظام العسكري على "تأزيم الوضع"، مشيرة إلى أن 12 ألف مدني قد مثلوا أمام محاكم عسكرية، خصوصا بتهم ارتكاب "أعمال عنف طفيفة"، أو "التصدي للجيش".

وذكّر التقرير أن 28 شخصا قتلوا خلال تظاهرة للأقباط المسيحيين في 9 اكتوبر تشرين الأول الماضي، وذلك نقلا عن مصادر طبية تحدثت عن ضحايا "أُصيبوا بالرصاص، أو قضوا دهسا تحت المدرعات"، مضيفا أنه "بدل إعطاء الأمر بفتح تحقيق مستقلٍّ، أعلن الجيش أنه سيجري هو نفسه التحقيق، وعمل بسرعة على إسكات أي انتقاد".